Es gibt schwerwiegende Bedenken hinsichtlich der Umstände, unter denen Chelsea Manning in Untersuchungshaft festgehalten wurde. So wurde die Nichteinhaltung rechtsstaatlicher Prinzipien von Amnesty kritisiert. Während ihres Verfahrens im Juli 2013 durfte sie sich bei ihrer Verteidigung nicht auf das öffentliche Interesse berufen.
Der UN-Sonderberichterstatter über Folter bezeichnete elf Monate der über dreijährigen Untersuchungshaft von Chelsea Manning als "grausam und unmenschlich". Mit einer Strafe von 35 Jahren wurde Manning zu einer viel längeren Haft verurteilt als andere US-Militärs, die sich des Mordes, der Vergewaltigung oder Kriegsverbrechen schuldig gemacht hatten. Amnesty International hat sich jahrelang für ihre Freilassung eingesetzt.
Amnesty International hat sich in den vergangenen Monaten auch für den Whistleblower Edward Snowden u.a. während des Briefmarathons 2016 eingesetzt und Präsident Obama mehr als eine Million Appelle für eine Begnadigung überreicht.