Am 1. November 2018 wurden Aisha el-Shater und ihr Ehemann Mohamed Abo Horeira bei sich zuhause im Kairoer Stadtteil Nasr City festgenommen. Amnesty International vorliegenden Informationen zufolge wurde Aisha el-Shater daraufhin 20 Tage lang Opfer des Verschwindenlassens; in dieser Zeit weigerten sich die Sicherheitskräfte, ihrer Familie Auskunft über ihr Schicksal und ihren Verbleib zu geben. Amnesty International liegen Berichte aus gut informierten Quellen vor, nach denen Aisha el-Shater in diesem Zeitraum in der Zentrale des Geheimdiensts im Kairoer Stadtteil Abbasiya festgehalten und mit Schlägen und Elektroschocks gefoltert wurde. Am 21. November 2018 erschien sie vor der Staatsanwaltschaft der Staatssicherheit, die anordnete, sie in Untersuchungshaft zu nehmen. Die Vorwürfe gegen sie lauteten auf: "Mitgliedschaft in einer terroristischen Gruppe", "Erhalt von Geldern für terroristische Zwecke" und "Beteiligung an einer kriminellen Vereinbarung zum Zweck einer terroristischen Straftat". Vor ihrer Festnahme hatte sich Aisha el-Shater auf Facebook zu Menschenrechtsverletzungen in Ägypten geäußert, u. a. zu Verschwindenlassen, Folter und anderen Misshandlungen in Hafteinrichtungen. Mohamed Abo Horeira vertrat bis zu seiner Festnahme Personen, die sich wegen mutmaßlicher Mitgliedschaft in der Muslimbruderschaft im Gefängnis befanden.
Am 1. November 2018, dem Tag der Festnahme des Ehepaars, begannen die ägyptischen Behörden eine Serie von Durchsuchungen und nahmen mindestens 31 Menschenrechtsverteidiger*innen fest – zehn Frauen und 21 Männer. Eine Menschenrechtsorganisation, das Egyptian Coordination for Rights and Freedoms (ECRF), die das Verschwindenlassen von Personen und die zunehmende Anwendung der Todesstrafe dokumentierte sowie Opfern von Menschenrechtsverletzungen Rechtshilfe leistete, war vom harten Vorgehen der Behörden besonders betroffen, da viele ihrer Mitglieder festgenommen wurden. Zu ihnen gehörte auch der Gründer des ECRF, Ezzat Ghoniem. In einer am 1. November 2018 veröffentlichten Erklärung kündigte die ECRF die Aussetzung ihrer Menschenrechtsarbeit an. Die Organisation bezeichnete die Situation in Ägypten als unvereinbar mit jeglicher Form der Menschenrechtsarbeit und forderte den UN-Menschenrechtsrat auf einzuschreiten.
Der Vater von Aisha el-Shater, Khairat el-Shater, befindet sich seit Juli 2013 in Haft, als das Militär den damaligen Präsidenten Mohammed Mursi stürzte. Seither ist die Muslimbruderschaft in Ägypten verboten. Die Führungsriege sowie Zehntausende mutmaßliche Mitglieder und Unterstützer*innen der islamistischen Bewegung sind festgenommen und strafrechtlich verfolgt worden.